ยังได้รับการติดตั้งอุปกรณ์สงครามอิเล็กทรอนิกส์ บริเวณสันหลังของเครื่องบินจากหลังฝาครอบ ไปจนถึงโคนหางได้รับการออกแบบให้ติดตั้งระบบอวิโอนิคส์ และระบบป้องกันตนเองจากการถูกยิง ด้วยจรวดนำวิถีทั้งระบบนำวิถีด้วยความร้อนและเรดาร์ โดยระบบต่อต้านอาวุธนำวิถีทั้งสองคือชาร์ฟ และแฟร์ ได้รับการติดตั้งเรดาร์แบบ AN/APG-80 ที่ทำงานโดยการกวาดค้นหาเป้าหมายด้วยไฟฟ้า บนจานอากาศติดตั้ง ชุดเครื่องรับ/ส่ง สัญญาณเป็นจำนวนมาก มีโหมดการทำงานหลายโหมด สามารถค้นหาและติดตามเป้าหมาย ได้อย่างต่อเนื่อง โดยเรดาร์แบบนี้สามารถตรวจจับเป้าหมายในอากาศขนาด 1 ตารางเมตรได้ไกลถึง 120 กม. ติดระบบสงครามอิเล็กทรอนิกส์ ALQ-165 ติดตั้งระบบนักบินกล ระบบคันเร่งอัตโนมัติ ระบบหลีกเลี่ยง เครื่องบินพุ่งชนพื้นอัตโนมัติ และระบบแจ้งเตือนภัยคุกคาม ในห้องนักบินได้รับการติดตั้งจอภาพสี แสดงข้อมูลขนาด 7x7 นิ้ว 3 จอ มีระบบเซนเซอร์สำหรับใช้ในการเดินอากาศ และใช้กับเป้าหมาย โดยมันจะเป็นกระเปาะ (TURRET) อยู่บริเวณด้านบนและด้านล่างของจมูก สำหรับด้านบนนั้น จะเป็นอุปกรณ์สำหรับ การรบอากาศ-สู่-อากาศ และการเดินอากาศกลางคืน ส่วนด้านล่างจะเป็นระบบ ที่ติดตั้งสำหรับอาวุธอากาศ-สู่-พื้น และทำการชี้เป้าด้วยเลเซอร์ให้กับระบบอาวุธนำวิถีชนิดนำวิถีด้วยเลเซอร์ ซึ่งการมีกระเปราะเล็กๆที่ติดบนและใต้จมูกเช่นนี้ ทำให้มันมีที่ว่างบริเวณช่องดูดอากาศ เข้าไป ติดอุปกรณ์อื่นๆแทน สำหรับระบบอาวุธของ F-16 E/F นอกจากจะติด ปญอ.M-61 แล้ว มันยังได้รับการติดจรวด AIM-9 และสามารถติดจรวด AIM-120 ได้ด้วย สำหรับระบบอาวุธอากาศสู่พื้นนั้น มันสามารถติดจรวด AGM-65 ในการโจมตีเป้าหมายที่เป็นยานรบและรถถังหรือระบบอาวุธภาคพื้น นอกจากนี้มันยังเป็น F-16 ของชาติแรกนอกเหนือจากสหรัฐฯ ที่ได้รับการติดตั้ง ASQ-213 HTS ซึ่งมันจะทำหน้าที่ตรวจจับ และพิสูจน์ทราบทำให้มันสามารถติดจรวดนำวิถีต่อต้านการแพร่คลื่นเรดาร์ AGM-88 ในการทำลาย เป้าหมายระยะไกลได้เช่นเดียวกับ F-16 D BLOCK 50 /52 ฝูงบิน WILD WEASEL ของกองทัพอากาศสหรัฐฯ นอกจากนี้มันยังมีความสามารถในการติดระเบิดร่อนระยะไกลนำวิถีด้วยลเซอร์ HAKIM ขนาด 500,1000 ปอนด์ กองทัพอากาศสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ (UAE) ประจำการด้วยเครื่องบินรุ่น F-16 E ที่นั่งเดียว 55 เครื่อง และ