ฝูงบิน ๕๓๙ ฐานบินหัวหิน  ตั้งขึ้นเพื่อปฏิบัติภารกิจสนับสนุนภารกิจของหน่วยบินพระราชพาหนะ ฝูงบิน ๒๐๑ รักษาพระองค์ ครับ

ปัจจุบันเปลี่ยนชื่อเป็น ฝูงบิน ๕๐๙ เพราะกองบิน ๕๓ เปลี่ยนชื่อเป็น กองบิน ๕ ครับ

ฝูงบินลักษณะนี้เป็นฝูงบินที่ไม่มีบรรจุเครื่องบินประจำการ(อย่างถาวร) แต่มีการจัดเครื่องบินจากฝูงบินต่างๆ มาประจำการในรูปของหน่วยบิน ครับ (หน่วยบินจะมีเลข ๔ ตัว มีอากาศยาน ๑ - ๒ เครื่องประจำการ ยกเว้นหน่วยบินพระราชพาหนะ)

ฝูงบินแบบนี้  อาทิ

ฝูงบิน ๒๐๖ วัฒนานคร

ฝูงบิน ๒๐๗ ตราด

ฝูงบิน ๒๓๖ น้ำพอง

ฝูงบิน ๒๓๗ สกลนคร

ฝูงบิน ๒๓๘ นครพนม

ฝูงบิน ๔๑๖ เชียงราย

ฝูงบิน ๔๖๖ น่าน

ฝูงบิน ฯลฯ